Η βασική διαδικασία λειτουργίας μιας φρέζας CNC περιλαμβάνει συνήθως την ενεργοποίηση, την επιστροφή στο σημείο αναφοράς, την είσοδο προγράμματος, τη σύσφιξη του τεμαχίου εργασίας, τη ρύθμιση του εργαλείου, τη μηχανική κατεργασία και την απενεργοποίηση. Κατά τη λειτουργία πρέπει να ακολουθούνται διαδικασίες ασφαλείας, όπως η σωστή ενδυμασία και η σωστή χρήση του κουμπιού διακοπής έκτακτης ανάγκης.
Ο πίνακας λειτουργίας του συστήματος CNC αποτελείται συνήθως από μια οθόνη CRT, έναν πίνακα MDI και έναν πίνακα ελέγχου εργαλειομηχανών. Ο προγραμματισμός είναι μια βασική δεξιότητα για τη λειτουργία μιας μηχανής φρέζας CNC, που περιλαμβάνει τόσο χειροκίνητο όσο και αυτόματο προγραμματισμό.
Σε εργαλειομηχανές CNC, όπως κέντρα κατεργασίας, το φρεζάρισμα αναρρίχησης έχει γίνει η τυπική μέθοδος κοπής της βιομηχανίας-λόγω της μεγαλύτερης διάρκειας ζωής του εργαλείου και της λιγότερης φλυαρίας.
Η επιλογή των παραμέτρων κοπής πρέπει να ακολουθεί ορισμένες αρχές: η χονδροποίηση στοχεύει σε υψηλούς ρυθμούς αφαίρεσης μετάλλων, ενώ το φινίρισμα στοχεύει σε υψηλή ποιότητα επιφάνειας. Βασικές παράμετροι όπως η ταχύτητα κοπής Vc και ο ρυθμός τροφοδοσίας πίνακα F μπορούν να υπολογιστούν χρησιμοποιώντας τύπους.